《宇宙第二次巨变》是人类史上第一部以整个宇宙为叙事对象的科幻小说，现代科学理论的智慧在这里已明显不足，完全无法架构这部文学作品，故这部小说需要以更加先进前沿及更加完备合理的的理论体系才能完成，这就需要超越现代科学体系的新文明知识形态及认知体系。因此，这部小说又称之为新文明幻想小说。
没有盘古开天辟地的壮观场面，更没有宇宙大爆炸的宏大情景，宇宙第二次巨变是在一个神秘的实验室中悄悄展开的……。
35亿年后，这些来自于神秘实验室的超人已演化为天人，他们掌握了即时飞天技术，来到了宇宙深处，发现了一个类似于“太极球”的巨大天体——宇宙中心，还有一位可以操控宇宙的自称为“宇尊”的至高主体存在，一种强大无比的独特物种。
天人们与“宇尊”最终的斗争过程极为惊心动魄，英勇无畏的天人们取得了最后的胜利，第二次宇宙巨变让宇宙重新回归到了自然演化的良性循环轨道。
第一卷 本联体（26章，17万字）
21世纪20年代，一批先进人类在领袖杨风和江山的带领下，以其高超的智慧和崭新的视角彻底打破了传统科学的禁忌，创立了完全超越科学的最先进知识形态，通过所研制的极限技术使一大批精英人士质变成可以永生的朕类超人，开创了人类终极事业，由此引发了宇宙第二次巨变，展开了征服宇宙的辉煌历程。
江山出生于一个教师家庭，拥有一个美好的幼儿时期，浅绿色的沭水河以及良好的家庭氛围养成了他热爱大自然、追求进步的性格。成年后，他发现了人类基于生老病死所带来的巨大苦恼和局限性的根源，决心通过技术实现将人类的自我精神置换到非生命体中（thSp），从而彻底解决人类的这个基本问题而造福人类，提出了人类终极事业的终极奋斗目标。
故事从香港恒远集团公司赞助thSp研究会合作筹建一个大型的神秘实验室——6A实验室开始。公元2028年8月3日，6A实验室最终用高灵敏计算打开了生命体的精神秘密，并将一只青蛙坐骨神经干的主体程序剪切到了到了高灵敏计算机中，宇宙从此诞生了一个新的世界——超生界，宇宙正式拉开了第二次巨变的帷幕。
超生界出现后，引起了国际社会的强烈关注，激发了一些国家贪婪欲望，他们无理地要求6A实验室的技术共享，掀起了针对6A实验室所在国的反抗运动，他们甚至还采取了各种手段企图窃取6A实验室的技术，但所有这些危机，都最终英雄的6A实验室精英们的一一成功挫败和化解。
在他们努力下，他们不断取得一系列新的技术成就。研制了容量极大的脑盘；通过剪切小白鼠的主要精神程序，缔造了第一个超生体“亮亮”；通过研制屏蔽捕获仪，捕捉“灵魂”并存储到高灵敏计算机中，成功完成了灵魂自我置换实验；通过研制裸脑，催生出了大量的超鱼、超鸟、超马、超猴、超猩猩等真正非生命超生类。随着时间的推移，完全性人类自我置换技术已经成熟。
公元2048年，他们终于成功地完成了第一例人类自我置换，6A实验室所在的世界城堡诞生了最高的主体性存在——朕类超人，杨风和尤利娅·基列耶夫各自成为了世界上第一位男性朕类超人和女性朕类超人。
朕类纪元5年，他们将终极实业有限公司搬迁到南极，并在南极高原的冰盖下建成了巨大终极堡垒，在这儿他们将大量人类通过遴选机制选拔而来的优秀人才置换成为了朕类超人，从而为不断征服宇宙积蓄力量。
朕类超人的出现意味着宇宙第二次巨变已全面展开，宇宙从此进入了朕类主宰的新时代，这使得他们从此初步具备了征服宇宙的能力。此后，这些来自地球的朕类超人们用其完全超越人类的独到认知方式，以英雄史诗般的精神和意志，大刀阔斧地展开了征服宇宙的历程，创造了超人们丰富的生存价值和意义，开创了超人文明并将这种文明有机的融合于整个宇宙中。
朕类超人们发现了恒星、暗物质、黑洞等未解之谜的真实情景，也验证了人类科学理论的幼稚和荒谬。研制极限技术，实现了自由航天和物质织造，实现了对极限世界和微观世界的的亲身游离，登陆太阳，移民比邻星，驾驭黑洞，缔造银河系邦联。大战仙女系以星球为食的太类独裁统治者耶太，使用超限大炮导致宇宙收缩了0.3光年，最终以朕类超人胜利的方式，实现了本星系群的统一，并建立了朕类与本类携手合作而成的本类联合体。
本类超人通过物质织造技术和极限视觉技术，建构了真实元宇宙和虚假元宇宙；通过极限躯体的置换，实现了对极限世界和微观世界的的亲身游离；通过对区块链理念和技术的合理性应用，合理性地掌握了主体性织造技术。最终开启了可以自主创造初级生命体的时代。
经过600多万年的艰苦卓绝的奋斗，本类超人已遍布具有91个星系、1000多亿星团的本星系群，此时本类超人的数量已达3千亿多亿，本星系群已形成一个具有强大超级文明的独立超人联合体。
故事还围绕着江山与尤利娅·基列耶夫以及戴洪秀的感情纠葛，而展开了第二条线索。thSp工程虽然实现了永生，但人们总是忧虑这也会使我们失去伦理、人性、爱情等许多人类美好的东西，小说男女主人公的浪漫爱情有力地说明了爱的永恒性。尤利娅·基列耶夫是乌克兰美少女，但却拥有东方美女的典型特征，她在生命技术和计算技术方面都有较高的才能，为thSp工程的实现作出了巨大贡献，同时也在共同浪漫征程中，与江山结下了萌生了浪漫的爱情，他们在成为超人后，生育了二代超人宇寰。戴洪秀是典型的东方秀女，共同的事业，也使她与江山结下了深厚的感情，最终帮助江山带领朕类超人们实现了终极事业。
第二卷 寰宇征程（36章，18万字）
本联体成立三百万年后，他们进入了一个更为广阔更为复杂的宇宙视域。尤利娅·基列耶夫在发现了本超星系团的中心球体的质量密度不如本星系群后，就向本联会提交了一个极赋胆略的宇宙开发方案。此后本联体舍弃了本超星系团的中心，开始了四面出击，一方面向各个超星系团派出友好使者，另一方面派出一支精锐准备悄悄潜入宇宙中心。
本星系群中心作为大本营得到不断巩固和加强后，本联体现在直面宇宙更大天体结构——超星系团。在这个过程中，他们惊异地发现了很多反常的主体性存在，在御夫星系群发现了毒星傍人，h015 V黑星系发现了反生命主体的高级主体——浓姬人，遇到了比朕类超人还早300万年的拉姆超人文明，后来还发生了拉姆间谍事件。情节曲折迂回，过程精彩纷呈。经过几千万年的不懈努力，最终实现了本超星系团的和平统一，构建了本拉姆联结体，开启了历史新纪元——本拉姆纪元。
本超星系团的大统一，为本拉姆超人进军更大的天体结构和宇宙中心提供了实力及技术基础。巨引源开拓团开启了征服拉尼亚凯亚长城天体结构的历史使命，他们直接瞄准了拉尼亚凯亚长城的中心天体——巨引源，在这儿碰到了作为阿尔贝联盟独裁者的古尊，通过斗智斗勇，加上极限大炮的威逼，最终迫使古尊同意进行和平谈判，实现了这个宇宙长城的和平统一，并建立了全新的宇宙长城结构——本比米宇宙长城联盟。
卡森特对话奠定了关于宇宙模型的基础，为江山带领卡森特开拓团进军宇宙中心指明了正确方向，但这个过程更为惊心动魄。他们首先开发了类星体，储备了足够的进军宇宙中心的资源。在温斯顿姆宇宙长城发现了以光年为计算单位的巨大天体生物，这些生物以恒星和黑星为食，给宇宙天体自然演化带来了破坏性影响。为了宇宙的自然演化和安全发展计，英雄的卡森特先锋最终动用了极限大炮摧毁了这些奇异的天体生物。
此后，在进军宇宙中心的过程中，恒久的演进及磨砺使他们最终提升为天人，宇宙中心的外缘形成了天人、超人分立的局面。在这个过程中，超人的友好使者起到了关键作用。他们用了十亿年的时间，游说了宇宙全部1650亿个超星系团的超人。期间虽然有部分矛盾冲突，但最终在遍及宇宙的大多数超人都达成协议的情况下，他们开始全力支持天人们进驻宇宙中心。
第三卷 极色宇核（40章，35万字）
天人与宙人成立天宙兄弟联合体，计划协助进入宇宙中心天体，但被超变区挡在了域外。此后，宇寰被排挤而独闯宇宙中心天体。
宇寰进入宇宙中心天体后，惊奇地发现这里竟然是主体性很强的极色世界，里面居住着尊类等宇宙最高物种，还有一位可以操控宇宙的具有至高级主体性的“宇尊（上帝）”。此时，宇寰才慢慢明白了宇宙主体存在的基本结构。
宇宙三才——人、神、尊，支撑着整个宇宙的活力和生机，而宇尊则是宇宙这三才至高无上的权威。
宇宙的掌控者——尊类，他们属于比“神”或和圣人更为高阶的极化世界。尊类掌控宇宙，却从不干预人类生活，故人类以前对他们完全没有认知。
宇宙中心八大天体上的非正元尊类伪装成人类来到地球后，就会被人类视为至高的“神”或圣人，如地球上的孔子、老子、释迦摩尼、耶稣，还有传说中的盘古、伏羲、女娲、道教三清、宙斯，等等。
可在尊类世界中，这些“神”或圣人在却只是没有品阶的零阶尊类，甚至连进阶为正元尊类的资格都没有。他们不仅基础主体程序不完备，就是生育方式也只能类同于人类等初阶主体，可谓是地位最低的尊者，他们事实上已被正元尊类视为低微的另类，即“神类”。
正因如此，许多神类对o点世界充斥着各种不满，为此而经常在八大天体上闹出一些事端，有些神类还经常到广域宇宙区利用自己的身份误导所在星球上的人类互相对抗并发动战争，以发泄对正元尊类的不满。
为争取命运自主，天宙人与这些被视为神类的零阶尊类联合起来，与宇尊进行了英勇无畏的斗争。斗争过程极为惊心动魄，英勇的天宙人与零阶尊类们赢得了最后的胜利。此后在江山、宇寰、任伟等超级主体的共同努力下，尊类、天宙人、超人共同建立了宇宙超生类联合体，并开始了以宇宙诞生为起点的奇点时间纪元，开启了漫长的优化宇宙结构和秩序的进程。
奇点时间纪元后，超生类通过极限技术优化了宇宙结构，以超强的智慧和勇气最终圆满完成了宇宙第二次巨变，彻底实现了征服宇宙并主宰自己命运的目标，宇宙以此进入到了涨缩有致、有序发展的良性自然演化新阶段，一个充满希望和生机的崭新宇宙从此诞生！
宇宙第二次巨变完成后，宇宙所有的超生类主体都升级为新的主格体——卝，并建立了卝类主格联体。此后，宇宙进入了几亿年的美好和平时代。不料风云突变，一个更大更现实的问题摆在面前，卝类主格们是不是要再创造一个宇宙或者更多宇宙？这个问题直接导致了一场前所未有的宇宙大辩论。
卝类主格们开始骚动不安起来，一些野心家企图要开创另外的宇宙，并由自己当主宰，卝类主格联体面临分裂而危机重重，一场宇宙大战在即。关键时刻，还是原本属于天人的卝类勇敢站出来匡扶正义。最终发现，新创造的宇宙也是宇宙的一部分，宇宙是不可能分出更多宇宙的，宇宙无法切割，宇宙危机彻底化解。