莫卧儿王朝在在西北方最强大的敌人，茣过于萨非王朝，又称萨法维帝国，是由波斯人从1501年建立的王朝。
王朝强盛时，疆域东起呼罗珊，西至幼发拉底河，北抵卡拉库姆沙漠与咸海，南达波斯湾与阿拉伯海，囊括伊朗全境，伊拉克大部，高加索部分地区，土库曼斯坦，阿富汗西部，乌兹别克斯坦南部，在阿巴斯一世时期，版图甚至远达库尔德斯坦与土耳其东部的迪亚巴克尔。
这个萨非王朝将回教什叶派正式定为波斯国教，自萨珊王朝之后首次完全统一了伊朗的东部与西部各个省份，由此重振了波斯人雄风。
当今皇帝阿拔斯在幸存了宫廷阴谋了暗杀后于1587年登基。他认识到他的军队的无能，这是奥斯曼帝国多次击败伊朗军队，占领了格鲁吉亚和亚美尼亚，而乌兹别克人则占领了东部的马什哈德和锡斯坦的原因。
首先他于1590年与奥斯曼帝国达成和平协议，将西北地区让给奥斯曼帝国。然后他雇佣了一位英国将军来重组他的军队，使它变为一支受薪的、训练良好的、类似于欧洲正规军的军队，在他的主导下全面引入火器，成为知名的火药帝国之一。
阿拔斯首先向乌兹别克开战，于1598年重占希拉特和马什哈德。然后他开始对奥斯曼回击，到两年前他得以重占巴格达、伊拉克东部和高加索省份。
早在二十年前他就将葡萄牙逐出巴林，在英国海军的帮助下于前年重占波斯湾中的霍尔木兹。他扩大了与不列颠东印度公司和荷兰东印度公司之间的贸易关系。这样一来阿拔斯对内也得以摆脱了对红头的依赖，加强了中央政府。
奥斯曼帝国与萨非王朝之间对伊拉克富饶的平原的争夺战持续了150年。自萨非伊斯迈尔一世于1509年占领巴格达，但是奥斯曼苏莱曼一世在1534年就夺回了巴格达，去年秋天阿拔斯大军再次攻占巴格达，兵锋之盛，一时无两。
当年波斯帝国灭亡后，即后波斯时代，波斯帝国分裂成数个国家，北印度地区（巴基斯坦）的大部分被萨珊王朝控制，一小部分由贵霜王朝控制，这对于一直致力于恢复波斯帝国荣光的阿拔斯大帝而言，北印度乃是他必取之地。
莫卧儿帝国大乱，他认为这是天赐良机，他命令部队渡河，攻占了卡拉奇，然后挥军北上，围攻***堡，并成功的攻占了该城，差不多把旁遮普之地占领了（卧儿王朝皇帝巴布尔，分旁遮普为三省，即拉合尔，木尔坦和德里），除了德里省之外，尽纳入了北印度之地，差不多将千年前的波斯帝国旧地恢复了。
莫卧儿帝国大皇子沙贾汗统领大军驻扎在德里边界，与萨非大军对峙。
萨非大军，攻占了最富裕的旁遮普地区，风光之极，不可一世，在过去的上千年历史之中，攻占这一地区，意味着获得北印度霸权，可以在次大陆有一番作为。
古旁遮普人都居住在现在巴基斯坦和克什米尔地区的旁遮普平原，在古代语中旁遮普的意思是五河之地，由印度河五条支流杰赫勒姆河、杰纳布河、比亚斯河、拉维河和萨特莱杰河冲积形成，由于土地肥沃温度适宜，包括古旁遮普人和古北印度人都聚集在印度河流域。
君子无罪怀璧其罪，正因为这里土地肥沃、物产丰富，才招来了众多的侵略者占领。包括雅利安人、波斯人、希腊人、塞种人、贵霜人、匈奴人、阿拉伯人、突厥人、蒙古人先后入侵该地区。
赢得旁遮普，就等于赢得巴基斯坦，等于获得了北印度，兵锋直指德里。
但是萨非帝国大军是不免得意忘形了，他们是占领了拉合尔和木尔坦，当地的莫卧儿王朝大军被击溃，他们全面败逃，萨非大军乘势追击，大杀四方。
但是从德里军队里爆发的大瘟疫也传了过来，并在他们接触最多的军队之中首先爆发。
萨非帝国大军是能征善战，大杀四方，但是他们的军队在应对这种不知来自何方的病毒之时，他们也是十分的狼狈和手足无措，莫卧儿军队犯下的错误他们一一犯下，对方没有犯下的，他们也犯下了，军队差不多是直接崩溃，直接的完蛋。
军队因为巨大的不可相抗的疫情，失去了士气，直接崩溃，大量土兵逃回了波斯，才得意洋洋占领北印度的萨非帝国大军面临崩溃的局面，击败他们的，不是莫卧儿大军，而是同样的击溃莫卧儿人的瘟疫，沙贾汗驻扎在边境的大军还没有出发，萨非帝国大军就面临崩溃的局面，他们只能龟缩在有限的几个大城市，坚守着，以应付莫卧儿帝国大军可能的反扑。
一场突如其来的瘟疫，袭击了莫卧儿帝国，在加尔各答和恒河之间的地区进行，继而蔓延向有北方地区各省，偏生好死不死的是萨非帝国认为有机可乘，乘机入侵，瘟疫便顺着他们入侵的步伐，流向了该国，进而蔓延，造成了巨大而惊人的破坏。
一场瘟疫令中亚南亚两大强国一起崩溃，可见它巨大而惊人的破坏力，原本是质疑米柱过于保守，没有下令对莫卧儿乘机而入的人，开始向他请罪，这那里是什么乘虚而入，而是拉自己下水，让自己和莫卧儿人一起遭殃，一起去死了。
瘟疫横行，本来就是非人力所能抗衡，死道友莫死贫道这是常态，波斯人不信邪，他们成功的加入了死亡俱乐部，强大的国家机器在瞬间之内被击溃。
而南洋军则通过与莫卧儿人的贸易，获得了海量巨大的资金，这些巨量的金银，将国库堆得满满当当，南洋军在暂停进攻印度的情况下，他们拥有了大量的闲散资源，三十个大型基建项目有了资金，他们原本计划暂停的开发澳洲的项目也可以进行。
毕竟在三年不对印度用兵的情况之下，他们拥有大量的兵力和资源，不能让银子在仓库里烂掉，也不能让士兵在呆着，光领响银不干活儿呀，所以只好重启澳洲项目。
连米柱都觉得这么来回折腾，太折腾人了，但是没有办法呀！他们是有自己的战略计划，但是在有机会入侵印度时，他们选择了这一计划，但是这个经过军队和政府一致认可的计划，又因瘟疫而搁置，有萨非帝国和阿富汗王朝的教训在，他们三五年内都不敢向印度下手。
他们在果阿和孟加拉的萨尔格两大据点，他们是严防死守了，但是军队中还是有了上百例感染病例，只是他们良好的卫生习惯，果断有效的隔离措施，让瘟疫没有在军队之中蔓延，造成可怕的，灾难性的后果。
他们对于秘密渠道进入避难的贵族们也进行了严厉的隔离措施，对于那些隔离期间爆发疾病的，一律遣返，没有什么人情可讲，另外他们也本着能治就治的原则进行抢救治疗，为了对付瘟疫，南洋军从各地召集了上百名一流医生郎中集中在一起研究瘟疫，但是收效甚微。
在米柱的特批之下，医生们开始对死者进行了解剖和病理研究，在此之前，对尸体的解剖是极为罪恶的问题，是对死者极大的不敬，是对神灵的亵渎，任何一个人勾了这勾当，都是处于极刑，为天下所指，除非官府特批验尸。
米柱作了特批，这是作为科学研究，事后他们出版了屹今为止最为清晰和准确的解剖图，广为印刷，作为各大医馆的镇店之宝和学习指南。
并且白宫迅速的出版了防疫指南，介绍了南洋军在虐疾、鼠疫方面的心得，印成了册子，广为发放，特别是优先发放给莫卧儿、萨非等重灾区。
米柱声称疾病为全人类共同的敌人，应该动员全世界力量共同对付之，南洋军会公开其在防治大规模流行性疾病的心得和秘决，在以往，这些东西都是无价之宝，价值无法计之，无论是谁掌握了，都会秘不示人，闷声大发财，米柱的做法，全抛干货，在科学界和医学界引起了极大的轰动，在人类医学史上有极大的乃至里程啤式的意义，史称维新革命。
米柱随后设立米利坚奖，这是他私人赞助和推动的世界性奖项，主旨在给那些在医学史上有重大贡献和发现的医生，不分国籍和种族，只看贡献和有没有绝活。
首个米利坚医学奖发给了南洋军传染病专家吴有性，他潜心钻研，认真总结，提出了一套新的认识，强调这种病属温疫，非风非寒，非暑非湿，非六淫之邪外侵，而是由于天地间存在有一种异气感人而至，与伤寒病绝然不同。不论从病因、病机到诊断、治疗均有区别，使其与伤寒病分开另论，形成温病学说的形成与发展作出了贡献，着有《瘟疫论》，他是南洋军首席传染病专家。