“沸羊回来，别追了！先把眼前的这个麻烦处理掉！”喜羊看着还在和奥摩伊纠缠的沸羊，急忙想让他回来，但是对方很明显根本不想让沸羊赶回去。
因为他们知道，也见识过关于沸羊有一个非常强力的组合技能，他们就是要拖住沸羊，然后无法支援喜羊，先击杀喜羊，然后再收拾其他人。
而另一边大蛇丸也化身，潜入是死亡森林，然后在佐助的身上种下了一个人咒印，和佐助说，如果想要力量的话，就来找他吧。
而我们的二柱子也在心里确定，自己想要报仇的力量，眼下最好的额办法就去找大蛇丸。
而大蛇丸在筛选下一任火影之时，团藏曾打算推荐大蛇丸上位以加强自己手中的权力，但三代目火影认为大蛇丸眼中隐藏邪恶和野心，不打算将火影的重任托付到大蛇丸身上，随后木叶高层一同推举自来也的徒弟波风水门，因此，加深了大蛇丸对三代目火影的憎恨。
随后团藏来到大蛇丸的实验室，大蛇丸认为第三代的本意是要将水门当做傀儡，从而师徒一同控制木叶，团藏意识到，照这样下去，木叶没有未来，随后大蛇丸表明只要将木遁移植实验研究成功，掌控木叶村的权利简直易如反掌，团藏也为掌控权利等待着时机成熟从而实施强硬手段。之后，团藏带着自己的部下甲、乙、丙离开了大蛇丸的实验室。
大蛇丸与木叶高层志村团藏一直保持着利益合作关系。
叛逃木叶
后来，大蛇丸在准备处理试验尸体的时候，因为其他的实验暴露，令第三代火影及暗部留意到他的古怪行为，所以大蛇丸最后离开了木叶。（当时实力处于全盛时期的三代本想杀他，但最后于心不忍）
在他叛离木叶的时候，自来也曾追上去挽留他，但还是无法改变他离开木叶的决定。后来自来也仍因为当时无法把走向歧路的好朋友劝回来而自责不已，他也因此连火影也不当，多年来都暗中追查大蛇丸的行踪。
晓组织
不久后，在刚获得风魔一族的认同后收到了来自名为晓组织的来信，大蛇丸赴约后发现了天道佩恩的轮回眼，在一段欺骗后准备偷取佩恩的轮回眼，但却不敌突然出现的佩恩六道。当得知晓内拥有大量的研究素材后答应收集尾兽。
蝎（绯流琥形态）与大蛇丸在加入晓组织之后，戒指是“空”，指环戴在左手小拇指上，与蝎组队。相信在那时候，他的转生禁术即使还没完全成功，也接近完成。在宇智波鼬加入后，由于想得到写轮眼的力量，他试图夺取宇智波鼬的身体当转生容器，但被鼬的幻术定住。
随后，因为大蛇丸与晓组织的目的不同而最终离开晓，然而却在途中遭到迪达拉与蝎的追杀，随后大蛇丸第一次使用第二代火影开发的究极禁术秽土转生，召唤出三代目风影与蝎、迪达拉对战，然而，因为秽土转生的精良度不够高，因此使三代风影挣脱了，随后大蛇丸将自己变为大蛇逃跑。孤红与蝎在瓦片推中搜了很久，也没有找到大蛇丸的尸体，蝎意识到自己并没有杀死大蛇丸，孤红声称下一次见到大蛇丸一定杀死他，佩恩询问宇智波鼬这是什么忍术，鼬知道这是第二代火影开发的秽土转生之术，能够复活死者并随意操控，而且有不死身，所以只能用封印术，或用武力禁锢对方的动作，即使杀死施术者也没有用，随后，佩恩下令今后留意大蛇丸的行动。
后来大蛇丸集结势力，在田之国建立了自己的忍者村－音隐村，护额是八分音符，其势力范围位于火之国的北方。他的重要部下分别有有红莲、鬼灯水月、重吾（北方据点）、香磷（南方据点）、药师兜、音忍五人众（即君麻吕、多由也、次郎坊、鬼童丸、左近右近）等。
中忍考试
十二年后，此时的大蛇丸已进入中年时期，他与第四代风影·罗砂结盟，二人合谋攻击木叶，其行动称为“木叶崩溃计划”。他以部下药师兜作间谍潜入木叶隐村，而他自己也伪装成一名来自草隐村的女中忍考生混入木叶隐村。在死亡森林中大蛇丸遇到宇智波佐助，因为大蛇丸打算以佐助的身体作转生容器，所以给了佐助天之咒印，并预言佐助将会为报宇智波一族被灭之仇去找他追求力量。
后来，他伪装成风影，让自己完全控制砂忍的行动。
在第三场中忍正式考试中，伪装成四代目风影的大蛇丸受三代目火影特意邀请，来到木叶隐村中忍选拔会场与三代目火影一同观赏这场淘汰赛，期间由大蛇丸的四名得力部下多由也、次郎坊、鬼童丸、左近右近伪装成两名砂隐忍者作为护卫，由于宇智波佐助为赶来参加考试，三代火影多次推迟考试时间后佐助仍未来参加，随后三代火影决定取消其资格，但因“四代目风影”的劝阻，三代火影打消了此念头。
不过这些都是后话，眼下咒印已经在佐助的身上种下了，大蛇丸的任务也已经完成了，但是他却看见，羽泷的弟子被云隐村的上忍给追杀，想着要不要去帮帮他们，但是一想他们的事情和自己何干，想着能少一事就少一事，大蛇丸刚刚准备离开。
羽泷放在喜羊身上的禁制，直接被打开了，因为此时喜羊因为没有沸羊辅助，在保护美羊的时候，不慎被捅穿腹部。
“喜羊！”此时的美羊除了医疗辅助，最擅长的也就是毒了，但是她在没有保护的前提下，根本没多少战斗力，一直以来美羊觉得只要自己身边有喜羊有沸羊，自己只要为两个人疗伤，为两个打好辅助，就没有问题，但是眼下，喜羊直接身受重伤。
美羊来不及懊悔，想要去医治喜羊，但是却被阻拦，就在卡鲁伊挥刀想要直接给喜羊一个痛快的时候。