过了几天，熊文灿派人通知郑芝龙，让他去澎湖岛上见孙传庭。
郑芝龙怕被扣留了，提出在福州见面，孙传庭爽快地答应了。
还是在太白居。
这一次，郑芝龙没有迟到，而是早早等着孙传庭到来。
一直等了两个时辰，孙传庭才风尘仆仆赶来。
坐定后，郑芝龙问道:\"孙总督，天启七年，我与熊巡抚说好的事还算数吗？\"
孙传庭傲然说道:
\"朝廷当然是守信用的，这么多年，朝廷什么时候找过你的麻烦？倒是你，屡次违反朝廷法度，纵容部下劫掠商户，在海上拦截过往商船，这又怎么说？
天启七年，你有大小船只七百艘，每艘船上装十二至十六门大炮。现在你有大小船只一千二百艘，每艘船上装十六至二十四门大炮，这也是熊文灿说好的吗？\"
对明朝来说，与郑芝龙的合作，不过是辽东战事吃紧时的无奈之举。目前郑芝龙只是控制了福建沿海，很快，郑芝龙将控制整个东部沿海和南部沿海。明朝将彻底失去制海权。
对内失去印钞权，对外失去制海权，这样的国家有什么前途？
郑芝龙说道:\"陆地上的事，朝廷说了算；海上的事，我说了算。我们井水不犯河水。\"
孙传庭大声说道:\"你终于说出你的心里话了，你这是在跟朝廷分庭抗礼。我奉劝你，不要以为你船多人多，就可以藐视朝廷。
皇上已经给你指出了一条金光大道。只要你按皇上说的办，保证你家世世代代享不尽的荣华富贵。\"
郑芝龙:\"如果我不照皇上说的办呢？朝廷是不是就会对我动武？\"
孙传庭:\"天无二日，国无二主，朝廷不会允许国中之国的存在。你如果不想跟朝廷对抗，唯一的出路是带着你的人，带着你的船，带着你的钱，远走海外，从此之后，只要你不踏入大明，朝廷保证不会攻打你。\"
郑芝龙断然说道:\"这不可能！\"
孙传庭冷冷一笑，\"可不可能，也不是由你说了算的。福建一带已经成了你的独立王国了！皇上要从福建移民，开发东番岛，这是利国利民的千秋伟业，你为了一己私利，硬生生搅黄了，皇上十分震怒！
你和皇上作对时，就没有想过你的下场吗？你以为你船多人多，朝廷就会怕你吗？你想错了！建州女真是什么下场，你又不是看不到。\"‘
现场的气氛已经紧张到极点，随时都会爆炸，熊文灿忙出来打圆场:\"一官，孙总督说的话，你好好考虑一下。\"
孙传庭道:\"皇上也不想和你大动干戈，如果你通情理，知进退，就不会闹到今天这个样子。当海盗终究是没有好结果的，只有归顺朝廷，才是你唯一的出路。莫非你想学陈祖义吗？\"
实力决定一切，郑芝龙海上战力一流，但陆战能力就是垃圾。
郑成功整军之前，郑家陆战就是标准的海盗水平，只不过福建明军连海盗的水平也不如，才让他们飘了。
但现在朱由检在辽西方向己经打得建州抬不起头来，宣大镇的边军在孙传庭的整顿之下，战斗力己经有了很大的提升，再加上卢象昇手下的机枪营，在陆地上，郑芝龙根本不够朱由检虐的。
福建自古就是兵家不争之地，除了分水岭和仙霞关之外，根本无险可守。
如果郑芝龙铁了心要反抗朝廷，就意味着他得把陆地上的所有家业田产全部舍弃，固守金厦，一辈子当个海贼王。郑家的势力会受到沉重的打击。由于失去大陆上的货源，海上的生意也会被重创。
在没有陆上基地的情况下，朝廷调集广东水师、福建水师、浙江水师、登莱水师、东江水师，郑芝龙未必能占到便宜。
孙传庭总督福建后，郑芝龙不是没有想过自己的出路，归顺朝廷，做个富家翁，不是不可以，但前有汪直的例子，不能不让他心有余悸。
孙传庭看出郑芝龙在犹豫，趁机说道:\"皇上为避免生灵涂炭，对你是抱有十足诚意的，不然不会答应将公主下嫁你家。
只要你诚心诚意归顺朝廷，皇上绝对保证你的荣华富贵，如果你不愿意封公，不愿意做官，你可以选择留在福建。
你的房产、铺面、田庄，还是你的，你的战船、火炮，朝廷可以花大价钱赎买。
这样一来，你就可以平安落地了。试想，世上哪有一辈子当海寇的？\"
郑芝龙已经有些动心了，问道:\"我从前做过很多事情，我交出船队后，朝廷会翻旧账吗？\"
孙传庭:\"皇上九五之尊，言出法随，倘若出尔反尔，怎能取信于天下？你若不信，可以进京和皇上面谈。\"
郑芝龙沉吟良久，说道:\"容我再想想。\"
整整一个多月的时间里，郑芝龙始终犹豫不决。
孙传庭当机立断上书，建议朝廷立即调东江水师、登莱水师，联合福建水师，一举攻占东番岛，向郑芝龙展示朝廷的水战实力，促使郑芝龙向朝廷投诚。
朱由检接到孙传庭的奏折后，很快召开了阁部会议。
第一是调兵的问题。
第二是筹钱筹粮的问题。
第二是三支水师的指挥问题。
孙承宗典型的重陆轻海重内轻外，他始终无法理解，朱由检为什么对一个荒芜偏僻的孤岛，报有如此之高的兴趣。
他说道:\"东江军牵制着建州的大后方，离福建两三千里，长途奔袭，不熟悉海况，给养困难。\"
毕自肃说的还是钱粮不支的问题，辽东的巨额军费，灾荒带来的税赋流失，使得年年出现财政赤字，调动东江军和登莱军南下攻打东番岛，至少需要一百七十万两银子，二十万石粮食。
朱由检说道:\"东南是国家财赋的大头，解决了郑芝龙的问题，每年至少可以带七百万两至九百万两的收入，这是一件一本万利的事。\"
杨嗣昌问:\"那么由谁来统一指挥三支水师呢？\"
不论是荷兰舰队，还是西班牙舰队，都是当时世界上最强悍的海上军事力量，以明朝水师的实力，不论是海上遭遇战，还是登岛作战，都明显不敌对手。明朝唯一能倚仗的就是主场优势，围而不打，以逸待劳，靠源源不断的补给供应拖垮对手。
在东蕃岛北部，西班牙殖民者修筑了鸡笼城和淡水城，共有兵力二千人，大型战舰五艘，武装商船三十艘，船上装有远程火炮，射程七百米。
在东蕃岛西南部，荷兰殖民者修筑了大员城和赤嵌城，大型战舰九艘，武装商船四十艘，总兵力三千五百人，武器装备比西班牙更先进。
朱由检道:\"整个战役由袁可立协同孙传庭统一指挥，从东江镇抽调五千精锐，一百只战船，由毛文龙带领，从登莱镇抽调一万精锐，由袁可立带领，与福建水师提督余咨皋在澎湖会合之后，封锁东藩海峡，实施为期三个月至半年的联合军事演习，一面练兵，一面围困东藩岛，逼迫荷兰人、西班牙人要么选择出战，要么选择投降。
兵部、户部、工部协同，筹集军械、船支、军费、粮食，确保后勤供应。\"