孙传庭命曹文诏、曹变蛟叔侄俩登上澎湖岛组织岛上居民撤退。
岛上居民听说红毛番和佛郎机又要来占岛，哭声震天，都不肯走。因为那是他们的家园，是世世代代赖以生存的地方，一旦走了，就再也回不来了。
曹文诏大声说道:\"红毛夷和佛朗机合起伙来打澎湖，带了数百条船，十几万人，澎湖守不住的，皇上让你们撤退，是为了保护你们。\"
岛上居民有的说:\"这是我们的家，家都没了，我们还活着干什么？\"
有的说:\"我们被蛮夷欺负够了，跟他们拼了！\"
不论曹文诏怎么软硬兼施，岛上的居民死活不肯走。
人可以一走了之，可是房屋牲畜土地走不了。
岛上男女老幼哭声一片。
曹文诏无计可施，向孙传庭报告。
孙传庭怒道:\"那怎么成？待在澎湖岛上不是等死吗？限期让他们撤离！不得违抗！\"
曹文诏只得又登上澎湖岛，传达孙传庭命令。
岛上又是哭声震天，几十里之外都清晣可闻。
熊文灿带领福建三司和地方官员组织沿海居民后撤，也遇到了重重阻力。
福建多山少水少田，适合耕种聚居的地方本来就少，撤往内陆，能撤到哪里？沿海老百姓都不肯舍弃家园。
孙传庭几番严令，都无济于事。
朱由检道:\"民心同仇敌恺，难以违抗，不如顺势而为，从海岸退后十里，挖壕筑寨，从百姓中招募丁状，发给武器，阻击敌寇，保卫家园。\"
杨嗣昌道:\"武器一旦发下去了，就再也难以收回来了。\"
朱由检:\"为什么要收回来？福建地处沿海，饱受倭寇和各种海盗侵害，从今往后允许福建民众组建义勇军自卫。\"
所有人都觉得匪夷所思，一群乌合之众，当炮灰都不够格，面对如狼似虎的西洋人，能打什么仗？允许他们组建义勇军，将来反抗朝廷怎么办？不是养虎为患吗？
朱由检对这种论调不以为然，民众的力量是无穷无尽的，西班牙和荷兰侵略者虽然拥有坚船利炮，可是一旦陷入人民战争的汪洋大海中，只会死无葬身之地，朝廷顺应民心，怎么会被老百姓反抗？
朱由检亲自写了一遍文告，号召福建民众组织义勇军，保家卫国。
文告抄录了千余份，张贴于福州、厦门、泉州、漳州的大街小巷，市井乡村。
\"拿起武器，保护你们的家园，保护你们的财产，保护你们妻子儿女！\"
一时间响应招募的壮丁络绎不绝，竟有十万之多。
杨嗣昌、孙传庭、熊文灿、袁可立都害怕了，纷纷劝谏朱由检，让他不要武装这些民众。
朱由检不为所动，命令孙传庭将十万人集合起来，每一千人里面配备三个军官，二百名士兵，到时候西班牙人荷兰人上岸了，各自为战，或阻击，或围攻，或自保。
翻遍福建全省，也不可能给这么多人配备武器。
朱由检命令解除对民间私锻武器的禁令。
全省上千家铁匠铺开始敞开肚皮打造兵器，叮叮梆梆的敲打声昼夜也不停息。
铁用完了，就把犁铧融化了，犁铧化完就把铁锅融化了。福建的犁铧铁锅用完了，就用五倍十倍的高价从江西买买犁和锅，化成铁水。
澎湖岛上八万居民，老弱妇孺撤走，留下了一万六千名精壮汉子，一万人在岛上守岛，六千人乘着渔船隐藏在澎湖的各个小岛的港湾。
曹文诏、曹变蛟带了两千官军，组织岛上民众架炮台，挖堑壕，修堡塞，打水井，在岛上屯积了够两万人吃半年的粮食。
朱由检轻车简从登上澎湖岛，拿起铁锹挖壕。
岛上军民沸腾了，奔走相告:\"皇上坐镇福建，红毛夷佛郎机来了就是送死！\"
战争的阴云越逼越近，福建全省却干得热火朝天。
朱由检问郑芝龙:\"你有把握将西班牙和荷兰的舰队引进闽江吗？\"
这才是战争成败的关键。
郑芝龙:\"应该能。西班牙人和荷兰人一定恨极了我，一定想将我堵在闽江里全歼了，这样他们就可以在福建沿海横着走了。我最担心的是辽东军和宣大军不能按时到位。要真那样的话，我就死得太惨了。＂
＂再有，从厦门到闽江口的马尾有七百余里，如何在这么长的路线上不被追上不被击沉，也是一件极难的事。＂
孙承宗接到朱由检命令，惊得出了一身冷汗。
他没料到东南方向掀起这么大波澜，调卢象昇南下，宣大怎么办？调袁崇焕南下，辽东怎么办？
孙承宗实在想不明白，皇上为什么对东南倾注了这么大心力。
但他的担忧没有任何意义，朱由检发来的是命令，除了遵照执行外，没有任何讨价还价的余地。
除了调卢象昇袁崇焕南下之外，户部还必须速筹集白银三百万两，粮食二百万石，工部必须筹备三眼火铳一万支，黑火药白火药各六万石，弓五万副，箭五十万支，克日运抵福州，不得延误。
朱由检还特别叮嘱，将兵部现存的所有火炮和炮弹，安全稳妥送到福建。
孙承宗愁眉紧锁，皇上此举太轻率了，这是要在福建赌命吗？何苦呢？
他对徐光启、毕自严、毕懋康道：＂这次不比从前，皇上口气极严厉，所要的钱粮器械一样不许少，你们各自想办法办齐。＂
毕自严道：＂三百万白银，一时之间怎么凑齐？＂
孙承宗道：＂皇上说了，东南半壁现在是生死存亡的时候，京师里的皇亲国戚\/功勋显贵／文武大臣／富商巨贾，都要出钱，等东南战事平息了，朝廷有的是钱还。皇上还说了，户部借不到钱，就让许显纯、杨寰、孙云鹤挨家挨户去借钱。＂
毕自严灿烂一笑，＂许显纯比我灵验多了。“
西荷联合舰队行动于风，很快抵达福建附近海域。
二十一艘战列舰，如同二十一座小岛，飘浮在波涛汹涌的海面上。
一百零五艘武装商船像雁阵一样在前方开路。
每一艘武装商船上装载有二十四门红夷大炮，二百余条燧发枪，黑洞洞的炮口和枪口令人不寒而栗。
总兵力约为四万五千人。
不论是战船还是火炮，对明军都形成碾压。
西荷联合舰队在东沙附近停了下来，他们派出使者，前往厦门，找到郑芝龙，要郑芝龙向朱由检转交巴达维亚总督伊诺和马尼拉总督霍夫曼联名写的劝降信，列出了五项条件：
1／赔偿白银2000万两；
2／交还船只和俘虏；
3／割让东番岛和澎湖岛；
4／福建设为非军事区，开放厦门、泉州、福州、漳州，贸易自由。
5／西班牙、荷兰船只可自由出入闽江及其支流。
朱由检只想骂粗话，但是宣大兵和辽东兵还没到。
为了延缓时间，朱由检答应和他们谈。
但是伊诺和霍夫曼提出的条件是，让朱由检到荷兰舰船上去谈。
孙传庭大怒，对使者说道：＂不知死活的蛮夷，有本事尽管放马过来！管教你们葬身鱼腹！＂
伊诺和霍夫曼毫不含糊，立即挥师北上，薄暮时分兵临厦门附近海域。