厄特加尔城一役后，与莱纳·布朗变身的铠之巨人战斗，即将胜利之时被贝特霍尔德·胡佛变身的超大型巨人砸中而昏厥，与尤弥尔一起被两人带走。尤弥尔在莱纳的鼓动下，加入了回乡三人组的行列，并且带走了赫里斯塔·兰斯。后被随后赶来的调查兵团从莱纳手中救下，但与三笠同时陷入危机。
因汉尼斯被当年吃掉妈妈的那个巨人吃掉，艾伦几近精神崩溃陷入绝望，同样求生无望的三笠对艾伦凄美告白，感谢艾伦为其所做的一切，并露出幸福的笑容，深受感动的艾伦回忆起妈妈的话，重新振作决意保护三笠，并立下红巾之约。最终艾伦为保护三笠而爆发出强大的意志力，接着，他获得“坐标”之力（疑似能用意念控制其他无垢巨人的能力）。
受到支配的无垢巨人们对曾吃掉其母亲的巨人群起而攻将其啃蚀殆尽。之后因为对铠之巨人表露敌意，而使大批无垢巨人转而攻击铠之巨人与超大型巨人，在摆脱了巨人们的纠缠之后，艾伦背起受伤的三笠与调查团同伴们一起逃离险地。实际上，艾伦之所以能够发动“坐标”之力，是因为他是始祖巨人的宿主，而吃掉艾伦母亲和汉尼斯的巨人戴娜·弗里茨拥有弗里茨王室血统。当非王室血统的始祖巨人宿主和拥有王室血统的巨人接触时，便会发动“坐标”之力。
艾伦与幸存的调查兵团同伴们一起撤回罗塞之墙，原本出动救援艾伦的联军（调查团主力与宪兵团主力）人数有一百人左右，撤回墙壁时有六成士兵阵亡，艾伦深感内疚。让·基尔希斯坦在艾伦迷茫时用“艾伦式说教”帮助艾伦重新确立目标：用自己“坐标”的能力驱使巨人堵上玛利亚之墙以及手刃莱纳等人。一周之后，伤愈的利威尔在听完韩吉·佐耶与康尼·斯普林格关于巨人的情报后，与正在养伤的艾尔文·史密斯商议确定组建新利威尔班。艾伦与三笠、阿明等训练兵团104期出身的同伴们一起加入了新利威尔班。
对战莱纳第一次帕拉迪岛内乱艾伦和调查兵团暂时藏身在山中的木屋里，在韩吉和利威尔的安排下进行探究巨人化特质的研究和实验。掌握了有关艾伦巨人化次数极限，变身后知能程度等等情报，同时失望地得知艾伦尚且对如何硬质化毫无头绪，使得阿尔敏设想的“利用硬质化的残留巨人之躯封堵城门”的计划无法实施。另一边，同期生的克丽丝塔·连兹向众人坦白了身份：原来她真名为希斯特莉亚·雷伊斯，是伪装成普通贵族的墙内真实王族——雷伊斯家的私生女。
此时韩吉和利维接到身处中央的埃尔文通报，中央有人要强取艾伦和希斯特莉亚。纵然韩吉等人想尽办法掩护，艾，希二人还是落入了中央宪兵之手。在雷伊斯家庄园的秘密地下洞窟中，艾伦被锁链绑在高台上，而希斯特莉亚则和生父罗德·雷伊斯重逢。通过和雷伊斯父女的身体接触，艾伦体内潜藏的部分记忆被唤醒：原来艾伦的父亲格里沙是巨人之力的持有者。在玛利亚之墙陷落的当晚，格里沙来到雷伊斯家的地窖，将罗德的长女弗丽达·雷伊斯变身的巨人打败并吞食了本体，由此夺得了雷伊斯家传的，能支配一切巨人的“始祖巨人”之力，并将罗德的在场的其他孩子也全部杀死。
之后格里沙找到了难民营中的艾伦，将艾伦带到树林中，将藏着秘密的地下室的钥匙留给艾伦后给艾伦注射了巨人化的针剂，自己则被巨人化的艾伦吞食，得以将自己身负的二种巨人之力和记忆寄宿到艾伦身上。之后艾伦被训练兵团的教官长基斯·夏迪斯抱回难民营。得知了真相的艾伦精神崩溃，认为自己和父亲才是一切灾难的根源，哭喊着要求希斯特莉亚吃掉自己取回始祖巨人之力，凭借王族之血发动始祖之力，支配巨人，终结战争。
希斯特莉亚意识到百多年来雷伊斯家族虽能支配巨人却对拯救人类毫无作为，拒绝了父亲要其吞食艾伦巨人之力的要求，打碎了针剂并试图将艾伦解放。此时调查军团赶来救援二人。穷途末路的罗德舔舐洒在地上的巨人化针剂，变身成了残缺不全，只能爬行的超大型巨人，同时也撑坏了地窖使之趋于崩溃。
眼看兵团众人即将葬身于坍塌的洞窟，艾伦发现了罗德连同巨人化针剂一同拿来的写有“铠甲”标签的瓶子，放手一搏下咬破瓶子的同时变身巨人，成功使出了全身硬质化以支撑洞体，令众人得救。
之后艾伦同兵团在前往奥尔福德区去阻止即将爬行而至的巨人化罗德。艾伦变身巨人将大量炸药扔入罗德巨人体内将其炸碎，最后由希斯特莉亚亲手给父亲最后一击，以此为将登基的新女王立威。
新女王登基，调查军团排除了背后的不确定因素。艾伦掌握了硬质化能力，并借此完成了韩吉设计的“巨人断头台”，在托洛斯特区实验并杀死了大量巨人。这一切为进行下一步夺回人类领地——玛利亚之墙的计划奠定了基础。
另一边艾伦通过更多地与希斯特莉亚接触，唤醒了父亲传递的更多的记忆片段。从记忆片段中艾伦发现训练兵团教官，也是原调查兵团团长的基斯·夏迪斯和过去的格里沙熟识，可能知道部分格里沙的秘密，便和众人拜访了基斯。然而基斯对格里沙的来历所知也极其有限。但艾伦从基斯口中知道了母亲卡尔拉对他的期望：纵使平凡，只要能降生在这个世界上，便已经十分伟大了。令艾伦对自己 “不特别”的执念得到了释怀。
其后，玛利亚夺还作战实施。艾伦随兵团星夜赶到希甘希纳区，开场便成功按计划利用巨人化和硬质化能力封住了希甘希纳外侧的破洞。但始终按兵不动，不知藏身何处的莱纳和贝尔托特令众人感到十分不安。阿尔敏察觉到了敌人藏在墙体内部的可能，成功逼出了莱纳。
城墙另一边，从莱纳等人的“故乡”前来的战士长也变身成兽之巨人，和受其操控的大量无垢巨人一同封住了调查军团的退路。艾伦和莱纳，埃尔文，利维和战士长分别在玛利亚之墙的内外展开博弈。希甘希纳区内，艾伦施展出来长期训练的局部硬质化——将硬质化集中在拳头上以大大提升硬度，轻易地击溃了莱纳覆盖全身的铠甲。配合调查军团持有的新式兵器——雷枪，很快将莱纳逼入绝境。
此时贝尔托特现身并变身超大型巨人，在其无可匹敌的破坏力面前局势瞬间逆转。阿尔敏舍命发动佯攻吸引贝尔托特的注意力，艾伦则留下硬质化巨人之躯，本体脱离后直取超大型巨人后颈出的贝尔托特本体并成功将其生擒。
然而阿尔敏在佯攻过程中承受了大量高热蒸汽烧灼，全身高度烧伤而生命垂危；另一边的埃尔文团长亲率兵团做诱饵亦被野兽巨人打成重伤濒死。而利维士兵长身上的最后一管巨人化针剂则是决定谁可以活命的关键。失去理智艾伦拼尽全力请求利维救阿尔敏。利维经过一番内心挣扎后决定让埃尔文从这个世界解脱，给阿尔敏注射了针剂。
巨人化的阿尔敏吞食了贝尔托特变回人类并取得了超大型巨人之力。另一边被利维打败的野兽巨人的本体，吉克和莱纳一同被友方的巨人救走，临走前吉克特地与艾伦见面并告诉艾伦“我们都被你爸爸洗脑了”。虽然成功夺回了玛利亚之墙，但经此一役，调查兵团仅九人生还。
艾伦和兵团终于得以进入格里沙留下的地下室，得知了记载在里面的格里沙的过去和世界的真相。回归的艾伦，三笠和阿尔敏因违反军纪而被关了禁闭。禁闭期间艾伦唤醒了更多父亲的记忆，得知了诸多更加残酷的过去。并在授勋仪式上和希斯特利亚的接触时看到了未来的部分记忆，知晓了自己在未来开启了“天与地之战”发动地鸣屠杀了世上八成的生命，最终会被同伴们所阻止。
又一年后，墙内墙外的巨人终于被消灭殆尽。艾伦等人得以来到梦寐以求的海边，然而他们已经得知，战斗远未结束，海的对面尽是敌人，艾伦疑惑如果将敌人全部杀光是否就能得到自由。
在艾伦等人抵达海边后不久，马莱向帕拉迪岛派出了第一支调查舰队，被艾伦，阿尔敏两体巨人轻易击败。马莱海军中的以一名女军人叶莲娜为首的部分战士突然叛变，事实上他们听命于吉克·耶格尔，是吉克为执行他的解放艾尔迪亚人的计划而派来岛上的联络人。
叶莲娜等人向岛内领导层提出吉克的合作意向时，艾伦确认，并向领导坦白了过去隐瞒的部分讯息：没有王族血统的他若能与王族血统的持有者变成的巨人发生接触，就能运用体内始祖巨人的力量，唤醒三道城墙墙体内部沉眠的大量超大型巨人作为武力，是为“地鸣”，有足以踏平世界的威力。这是科技落后世界数十至上百年的帕拉迪岛面对世界敌意的王牌。
然而，艾伦先前因不希望希斯特莉亚被迫成为巨人而隐瞒了这一消息。叶莲娜及其率领的“义勇军”为帕拉迪岛带来了外界先进技术，还协助帕拉迪岛建立起了火车，港口等与外界交流所需的现代化设施。港口建成后接待的第一位外宾则是来自过去与艾尔迪亚帝国世代交好的，东洋日出国的东人清美（又音译奇优宓·亚兹玛比特）女士。清美提出可以帮助帕拉迪岛面对外部世界，而所求的也是帕拉迪岛上的冰爆石资源的开发资格，同时也在寻找着过去日出国将军血脉在岛上的传承者——三笠。
再三年之后，艾伦同调查兵团众人一道，在叶莲娜等人掩护和清美的资助下得以隐瞒身份渡海造访了马莱大陆。艾伦遇到了在即将被他救过一次但也会被他发动的地鸣所杀死的男孩拉姆吉，想要反抗未来记忆不去救他，但依然不由自主的救了他，从而明白自己看到的未来注定无法改变，半生追逐自由的艾伦陡然发现一切从最初就已经注定，自己生来就是自己一直最讨厌的不自由的家畜而崩溃痛哭。
兵团众人眼界大开的同时，一个残酷的现实也摆在了他们眼前：哪怕是愿意为保护岛外尤米尔子民的人权发声的人士,也将帕拉迪岛人指为除之后快的恶魔。世人对帕拉迪岛的仇恨已然无可消弭。
确定未来已然注定的艾伦独自离开了众人。
大闹马莱
和调查兵团分离后，艾伦取 “克鲁格”为假名，扮作一个失去了记忆和一条小腿的艾尔迪亚伤兵潜入了马莱的雷贝里欧艾尔迪亚人收容区。期间结识了善良的少年法尔克·格莱斯，给予在战士候补生训练中受挫的法尔科鼓励而受到了他的尊敬，得以让法尔科替艾伦寄出了数封信件，一方面向调查兵团传达自己的计划，另一方面试图和异母兄长吉克取得联络。在此期间，他也巧遇了一位老医生-正是格里沙的父亲，也就是自己的亲祖父，仍以“克鲁格”的假名和他座谈，但最终祖孙并未相认。
之后，兄弟二人见面时，艾伦假意接受了吉克的“艾尔迪亚人安乐死计划”。在马莱国实际统治者，“战锤巨人”持有家族的威利·戴巴集结世界各国政要，号召合力剿灭帕拉迪岛的演讲当晚，艾伦让法尔科将莱纳请到演讲会场旁一栋居民楼的地下室中谈心。
长期被愧疚和压力折磨的莱纳跪倒在艾伦面前忏悔，请求艾伦杀掉他。艾伦似有和解原谅之意，但听着窗外戴巴将艾伦·耶格尔指责为祸乱之源的慷慨演讲，艾伦还是决定要战斗到底。于是艾伦变身巨人，大闹演讲会场，杀死了威利及在场众多政要和平民。
此时戴巴家族真正的巨人之力持有者——威利之妹变身“战锤巨人”与艾伦交战。预先潜入的调查兵团，马莱方的野兽巨人，车力巨人，颚之巨人和战士队队长迪奥·马加特的部队纷纷现身参战。阿尔敏在马莱港口变身超大型巨人的爆炸摧毁了马莱舰队，断了收容区内马莱军的后援。
激战后艾伦找出了战锤巨人的本体，但其被保护在和阿妮相同的高硬度水晶中无法吞噬。战斗中艾伦发现颚之巨人的牙和爪能够破坏水晶，在三笠的配合下用颚之巨人之牙作夹子咬碎了水晶，得以吞噬战锤巨人。另一边野兽，车力巨人也在兵团的围攻下败下阵来。
正在艾伦试图将颚之巨人一同吞噬时，原先丧失斗志的莱纳以未覆盖铠甲的不完全巨人化姿态现身，虽被艾伦一拳打倒但同时抢回了颚之巨人。此时艾伦也耗尽了力气，和三笠一同登上飞艇撤回帕拉迪岛。由于本次的潜入行动是艾伦的独断专行，裹挟着兵团配合其擅自行动，飞艇上利维兵长和同伴们并未给艾伦好脸色。同时，马莱的艾尔迪亚战士候补生少女贾碧·布朗（也是莱纳的表妹）和法尔克在无人注意下登上了飞艇。对艾伦的虐杀满怀仇恨的贾碧枪杀了104期的萨沙·布劳斯。艾伦询问了萨沙的遗言，得到答案后，发出了莫名的笑声。
返回帕拉迪岛的艾伦因违反军纪再一次被关了禁闭，韩吉前来探望时，艾伦威胁道可以凭借新获得的战锤巨人之力随时离开禁闭室。韩吉感到对艾伦束手无策，十分头痛。艾伦在马莱初战的大捷极大地鼓舞了岛内的激进派。大量民众拥在总统府前要求释放艾伦。
以扎克雷总统为代表的高层因艾伦难以掌控，流露出另寻他人继承艾伦的巨人之力的想法。这时数名拥护艾伦的激进新兵用炸弹暗杀了扎克雷总统，艾伦此时也终于利用战锤巨人的能力破墙逃走，和以弗洛克·福斯特为代表的激进士兵群体会合，组成“耶格尔派”。
另一边，在马莱之战中在众目睽睽下本体被利维炸死的吉克，实际上随着调查兵团登上了飞艇被带回岛内，被利维带队囚禁在巨树之森，耶格尔派的首要目的就是促成兄弟俩的会合。韩吉率调查兵团前往希甘希纳的军部调查耶格尔派的动向。抵达后，艾伦和数名耶格尔派士兵突然出现，威胁三笠，阿尔敏和在场的贾碧共同上桌谈话。谈话中艾伦声称三笠和阿尔敏是他最为厌恶的“奴隶”，令三笠和阿尔敏伤心至极。
阿尔敏怒不可遏之下和艾伦发生斗殴后不了了之。尔后，耶格尔派占领了军部，除韩吉被挟持带领前往吉克的囚禁之地，其他调查军团的成员则被囚禁。而后，艾伦要求贾碧用无线电向马莱军求援。此时事先潜入的车力巨人皮克突然出现，用枪威胁艾伦。然而艾伦毫不畏惧，反过来对皮克进行威慑。皮克看似屈服于艾伦的威慑，向他坦白自己也是为了保全家人，实际上也打算反抗马莱，并要向艾伦指明其他的马莱间谍，让艾伦到屋顶上去。
艾伦登上屋顶，潜伏在楼下人群中的波尔克·加里亚德变身颚之巨人从下方破墙突袭，咬掉了艾伦的双腿。艾伦当即变身巨人。天空中驶来马莱军的飞艇，莱纳和其他马莱战士空降而下。局面变成艾伦对战车力，铠甲，颚三体巨人。艾伦利用战锤巨人之力生成地刺以对抗铠甲和颚的围攻。车力巨人搭载武器在远处狙击艾伦的头部使艾伦陷入被动。然后，野兽巨人突然在城墙上方现身支援，向艾伦身边二巨人投掷石头攻击。
在吉克投石攻击掩护下艾伦开始向希甘希纳大门移动。莱纳，波克则全力追击，力图阻止耶格尔兄弟发生接触。此时吉克突然被马加特射出的反巨人炮弹击中后颈，本体被削去大半身子而坠下墙头。陷入危机的吉克发动了“吼叫”将被暗算而饮下其脊髓液的岛内军方高层，以及偶然饮下脊髓液的法尔克变成了听命于自己的无垢巨人。
莱纳见此悲愤地对艾伦发动猛攻。艾伦则咬住莱纳的手臂后发动全身硬质化将其困住，本体则从后颈处脱离，向城门处的吉克奔去。就在兄弟二人近在咫尺之际，一旁的贾碧捡起对巨人狙击枪向艾伦开火。子弹击中了艾伦的脖颈，头颅就这样飞了出去。
天与地之战赶在艾伦完全死亡之前，吉克伸手接住了艾伦的头颅，始祖巨人和王血巨人的接触终于完成。艾伦的意识在一处异空间内苏醒，在那里等着的的是被锁链束缚在地上，须发皆长的吉克，以及一根通天光柱。吉克称那光柱即是坐标，而此处则是“道路”。
此地没有时间的概念，吉克在此等待艾伦的苏醒，经过了似刹那又似永恒的漫长岁月。此时坐标中走出一名少女，吉克称那便是始祖尤弥尔·弗里茨，要艾伦命令没有自主意识的尤米尔将全部艾尔迪亚人绝育。艾伦此时终于道出他配合吉克仅是为了到达此地，转而向尤米尔求助以达成自己的目的。
但尤米尔却不理会艾伦向吉克走去。吉克也挣脱“不战之约”的锁链站起身来，称尤米尔只会听命于王族血裔。吉克令尤米尔造出锁链缚住艾伦的双手，虽然艾伦的背叛令吉克失望，但吉克仍打算拯救“被父亲洗脑的弟弟”，为此要让艾伦认识到格里沙童年对其进行的洗脑。
于是兄弟二人通过道路，进入了格里沙过去的记忆。在格里沙的记忆中，兄弟二人以幽灵般的旁观者的视角观看着格里沙进入墙内后的生活轨迹。艾伦惊讶地发现格里沙其实在艾伦婴儿时便已查清了雷伊斯家的秘密和地窖的所在，却为了新的妻儿的安稳生活而搁置了复权派的理想。而吉克也得知了格里沙其实一直挂念着他，对过去的作为心怀歉意。恍惚间记忆中的格里沙看到了一旁观看的吉克，但一时间被当成了错觉。
在吉克为这幅光景大为动摇的时候，艾伦催促吉克前往下一处记忆。兄弟俩一直看到艾伦九岁，吉克终于明白格力沙并未给艾伦灌输其复权派的思想，而是让艾伦自由地成长。艾伦的所作所为完全是出于自己对“自由”的执着追求。