裴硕被周馥打败，于是诈说周馥谋反，转而求救于琅琊王司马睿。
司马睿闻听，周馥想接怀帝到江南来，心里也有点来气，怀帝来了，他岂不是很麻烦，皇帝来了，他这个王爷可不是又得靠边站，他也没功夫像司马越那样，做什么权臣，这点事儿他还是能处理的，天下名义上还是他们司马王室的，于是一改以前壁上观的态度，派遣扬威将军甘卓出兵寿春，攻打周馥。
甘卓为东吴名将甘宁的重孙，甘宁之猛曾经一度令敌军闻风丧胆，和曹操手下的大将张辽有一拼，可是甘卓不但没有继承曾祖的骁勇威猛，反而性格优柔寡断，多疑狡黠。
不过这一战他还是有把握的，怎么说他也是名将之后，排兵布阵不在话下。
周馥不料司马睿会派兵增援裴硕，还派来精锐部队，骁勇威猛的江东大军，一战而溃，逃奔项县，被豫州都督、新蔡王司马确抓捕。
司马确问周馥可知罪，周馥愤怒不已道：“你是司马越的侄子，你父亲是司马腾，自然听命于司马越，可是晋朝能有今天，就是坏在你们这些宗室皇亲手里，我虽有心杀敌，可惜无力回天了。”
周馥大义凛然，反说得司马确面红耳赤，他也没有杀死周馥，只是囚禁起来，没多久周馥便忧愤而死，可惜了一代忠臣良将，死得憋憋屈屈。
司马睿听说周馥忧愤而亡，也不免感叹，可是接怀帝来寿春，绝对是威胁到自己的行为，周馥不死不行。
此时扬州刺史刘陶去世。琅琊王司马睿抓住机会，让自己的人上位，命王导之弟王敦任扬州刺史，不久又加职都督征讨诸军事，将江南的控制权进一步握在自己手里，他也确实是司马王室中最能拿的出手的王爷了。
洛阳饥荒日重，连怀帝都得忍饥挨饿，于是焦虑不安，司马潘涛建议怀帝亲自向凉州刺史张轨求援。
怀帝于是下诏命令让张轨担任镇西将军、都督陇右诸军事，现在怀帝手里也就剩这点儿恩惠了。
光禄大夫傅祗、太常挚虞赶紧给张轨去信求援，告诉他京城军民饥饿，怀帝都三餐不继，一天只能喝一顿粥，勉强度日，食品匮乏到令人发指的程度，望乞救援。
现在全国饥荒，西凉也好不到哪里去，但是张轨仍然设法筹集五百匹马、三万匹毯布，粮食若干，派遣参军，火速送往洛阳救急。
司马潘涛负责洛阳军政事务，又向怀帝上表，请怀帝下诏命苟曦来救援洛阳。怀帝依言，诏令苟曦。
苟曦刚要领兵动身，流民武装却在这时攻陷琅邪，挥兵北上，齐郡地区尽数沦陷。青州危在旦夕，他兄弟苟纯只能关闭城门死看死守。苟曦无奈，青州不可有失，否则他就没有立足之地了，只好回师救援青州，援救洛阳之事儿遂被搁浅。
司马潘涛素来看不上苟曦，也是他之前的挑拨，把已经拜了把子的司马越和苟曦弄得反目成仇。
此次见苟曦不来了，司马潘涛又故技重施，明知道司马越与苟曦已经产生嫌隙，互生怨恨，还伙同其他一些没正事干的大臣，继续附和生事，挑拨两人的关系。
苟曦知道后简直气炸了肺，上表奏请怀帝，索要潘滔等人的项上人头，不仅如此，还扬言道：“司马越身为宰相而用心不正，品行不端，是天下祸乱的罪魁祸首，如今洛阳危急，也都是他一手造成的，我难道还要听他的号令行事吗？”之后传檄各州，称颂自己当年战败王弥，石勒等等功绩，列举司马越的种种罪状，当然少不了背刺长沙王司马乂，致使张方烤死司马乂，洗劫洛阳之事。
怀帝对司马越专权擅政早就深恶痛绝了，又加上他平时言语违拗，多次抗旨不尊，最可恨的是这次擅离洛阳，留下来的部将兵士等人更是无法无天，公开抢掠公卿大臣，逼迫污辱公主们。
怀帝本就与苟曦常有文书往来，于是秘密遣人，给苟曦赐了一纸亲笔诏书，命令苟曦奉诏讨伐司马越。
不想怀帝一举一动早被司马越控制，暗中派流动的骑兵在成皋地区往来监视，果然查获到了苟曦派往洛阳的使者以及怀帝的诏书。
司马越一看怀帝的亲笔诏书，吓得不轻，这诏书如果落到苟曦手里，他就可以以皇帝之命，招揽天下兵士，杀他也不是办不到的。
他也不声张，反而下达檄文，罗列苟曦的条条罪状，命令中郎杨瑁立刻赴任兖州刺史，与徐州刺史裴盾一同率兵征讨苟曦。
苟曦派遣精锐骑兵弛入洛阳，拘捕司马潘滔，潘滔事先已经觉得不好，听说有骑兵进城，连夜逃跑，得以逃脱。苟曦骑兵抓住尚书刘曾、侍中程延，带到苟曦面前，没有抓到潘涛，苟曦咬牙切齿，于是把这些挑唆生事之人全都杀死。
司马越闻听忧愤不已，恹恹成病，这日正在中堂休息，却听见有爽朗的笑声传来，他抬头看去，只见司马乂正款步走向他，衣袂飘飘，潇洒如仙，到了近前，笑问：“别来无恙乎？”
司马越顿时惊散了三魂七魄，道：“你不是被烧死了吗？”
司马乂闻言，一愣，顿时浑身火起，引得周遭一片火海。司马越刚要大呼左右，司马乂却如离弦之箭一样冲向他，将他死死抱住。司马越顿觉全身皮肉皆燃，五脏六腑焦灼刺痛，一声惊叫，从床榻上滚落下来。
仆从连忙冲了进来，但见司马越躺在地上，浑身汗透，惊恐不已。
司马越也自知得此梦，大限将至，遂命人急招司徒王衍前来，把后事尽数托付给他，不久就咽气了。
司马越在项县离世，兵马还未到许昌，王衍怕军中有变，秘不发丧，只是把几个重臣聚集起来，商量下一步该怎么办。
大家认为王衍德高望重，共同推举王衍为元帅，统领大军。王衍知道于理不合，不敢接受，推辞说：“襄阳王司马范就在军中，又是范阳王司马玮的儿子，正是大帅的合适人选。”
谁知司马范一听，坚辞不受，于是王衍暂时代理军政大权，一起侍奉司马越的灵柩送往东海郡安葬。
司马越的旧部何伦、李恽等人听说司马越去世，洛阳也不呆了，还质子啥啊？赶紧逃命吧！于是侍奉着司马越的裴妃以及长子司马毗从洛阳向东行进，赶往东海郡奔丧。城中士人百姓看他们带军出城，争相白衣素服跟随奔丧，也不是他们多爱戴司马越，只是总比落在胡人手里要强。
怀帝得知司马越已死，仍然余恨未消，追贬司马越为县王，任命苟曦担任大将军、大都督，接替司马越，督青、徐、兖、豫、荆、扬六州诸军事。