虽然朱由校有计划郡县朝鲜，纳入大明版图，但计划外的事情也有不少，未来能否实现这个愿望还很难说，毕竟朝鲜拥有着一千多万人口，而且独立存在了上千年，有着他们独特的文化与民族观念，想短期内兼并与消化朝鲜，并不是一件容易的事情。
现在既然能够割让永宗岛，不出意外的话，意味着它已经成为了大明的新国土，对于这点，朱由校自然没有什么不满，反而欣赏熊文灿能够灵活决断，为大明争取更好的利益。
对于功臣，朱由校自然不会吝啬，除了赏赐一些金银布匹，还给熊文灿升了官位，由原来的的正五品祠祭司郎中升到了正四品的太常寺少卿兼提督四夷馆。
至于袁崇焕，一个三甲进士在寸功未立的情况下，为官未满两年，就升到了正六品的主事，已经足够恩赏了，所以朱由校只是多赏了一点财物。
既然朝鲜多了一块大明的国土，而且逼迫朝鲜对大明开放了通商口岸，自然需要官员前去治理。
刚开始方从哲提议在三个岛上各设立一个巡检司，但遭到了徐光启与李长庚等人的反对，他们认为设立巡检司太不重视这些地方了。
李长庚建议设立永宗县，但却遭到了吏部尚书方从哲的极力反对，一个几千人的小岛设立一个县，那是极度浪费宝贵的官职，而且也无法管理相距遥远的济州岛与影岛。
徐光启提议设立类似市舶司的提举，负责商贸往来之事，同时监管下永宗岛与影岛上的百姓，至于大明在这些地方的驻军，自然由兵部管理。
至于面积较大济州岛，徐光启建议设立一个县，正式纳入大明的管理中来。
至于礼部尚书魏广微，则是以三岛远离大明本土，建议设立卫所，再在永宗岛设立一个处理商贸往来的大使即可。
在听完几人的建议后，朱由校最终放弃了原先设立总督的想法，经过一番权衡后，最终决定在永宗岛设立大明驻朝大使，从五品官职，直属于礼部管辖，主要负责与朝鲜的商贸往来之事，同时监管三岛民政与几个通商口岸的纠纷问题。
除此之外，在济州岛设立济州县，归属驻朝大使管辖。
至于大使与济州知县的人选，朱由校没有让他们当场举荐，而是让吏部遴选，最终由他批准。
朱由校这样做，并不是为了所谓的遵循旧有惯例，而是想继续看看朝中哪些人属于什么党派。
自从连续打击了东林党之后，朱由校越来越分不清哪些人到底属于哪些党派了，厂卫虽然能帮他调查一些官员底细，但自从文官们再次深刻体会了厂卫的无孔不入后，他们就再也不敢明目张胆地集会或上门拜访了，多是采用第三方地点由他人转述或书信往来，这给厂卫的监视带来了极大的困难。
商议完民政与商贸之事，朱由校得认真思考思考该如何布局这三个岛的军事布防问题，对于徐光启建议的交由兵部管理，朱由校自然是不赞同的，在没有完成军事改革前，他是不会将重要地区或新增领土交给兵部管理的。
未来朝鲜肯定是要纳入大明版图中来的，至于是慢慢同化还是军事快速占领，这个朱由校还没有来得及认真考量。
毕竟大明现在烽烟四起，而且还要完成国内的军事改革，实在是抽不出太多兵力去占领朝鲜。
朝鲜军队战力或许很弱，但人家好歹有着一千多万人口，攻打容易占领却难。
而且朝鲜地少人多，资源匮乏，短期内几乎不能为大明带来什么效益，反而要付出极大的代价，现在这种与他们开展商贸的方式，大明肯定是处于长期入超的地位。
虽然暂时不派重兵攻打朝鲜，但现有的三个岛屿也不能不派兵驻扎，不管是保护商队也好，还是为下一步攻打朝鲜与日本做准备也好，都得派一支不弱的军队驻扎这些地方，尤其是济州岛。
济州岛面积只是略小于后世的深圳，属于典型火山喷发形成的中间高四周低的岛屿，位于大明、朝鲜、日本三者之间，地理位置十分重要，是非常理想的海军基地。
既然不能交给兵部，也就是交给渤海水师管理，那只能交给都督府管理了，至于五军都督府这个养老部门，朱由校连考虑都没有考虑。
至于渤海水师，在近海搞搞运输、打打海盗还行，远洋作战就不够看了。
都督府现在有两支海军，一支是沈寿岳统领的海军第一营，另一支则是王兴统领的海军第二营，一南一北互不统属，这也是未来朱由校南北海军的种子。
济州岛虽然离长江出海口更近，但朱由校还是想将此处交给海军第一营，因为长江以北被朱由校认为是属于北方海军。
既然济州岛划拨给北方海军，但目前北方只有一支都督府直管的海军，也就是海军第一营，现在第一营驻地在大沽口。
防区主要是渤海，负责京城东面的海上安全，肯定无法全部离开，短时间内派遣一两个千户去朝鲜执勤没什么问题，但时间久了肯定也不行。
海军第一营无法长时间离开渤海，那就只能继续扩编海军规模了。
既然迟早是要扩大海军规模的，朱由校咬咬牙干脆再组建海军第三营，只是目前只能承受两个千户所的编制，不是没钱粮，而是没有风帆战舰与火炮，朱由校又不想将就使用福船、沙船那些老式海船。
一个千户所驻守济州岛，另一个千户所驻扎永宗岛，至于影岛，暂时交由四海拓殖驻防即可，他们可是有四个千户所的水兵的，而且战船与武器配备要比渤海水师、朝鲜水师甚至日本水师要强上不少。
既然要在济州岛设立第三营，干脆再新增一个造船厂吧，反正船木基本都是要从辽东运过来，而且未来还要到鲸海北部的辽东之地砍伐树木，不用再大老远运到天津了。